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=== “打假资金” ===
2006年11月，何祚庥、郭正谊、司马南、袁钟成立了“科技打假基金筹备组”，由方舟子律师彭剑任秘书，面向社会募集捐款，用来资助方舟子打假（即“打假基金”），并申明将公开帐目、接受监督。此外，2010年方舟子遇袭后，彭剑又以个人名义向社会募集“安保资金”，用于保障方舟子的人身安全。同时成立监管小组，向小组公开帐目并接受监督。这两项基金未向社会公布过其基金使用明细。在2013年与崔永元有关转基因食品的争论中，这一点亦遭崔永元及其支持者的质疑，被指为“黑资金”。

2007年1月，冼岩发表评论，认为方舟子巧妙避开何祚庥曾留下污点的控制论、共振论和基因学说等，恰到好处既抨击“伪科学”，又保护了成为他衣食父母的何院士。