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=== 食品与医疗 ===

* 方舟子批判中医、中药等的大量文章也产生了比较大的社会影响。方舟子在新语丝上设立“中医骗子”专辑，认为中医和中药没有经过现代科学的检验，中医基于阴阳五行的理论没有实际依据，而中药的疗效也没有被严格的双盲法证明，认为应该“废医验药”。另有专著《批评中医》。
* 2015年1月，歌手姚贝娜因乳腺癌去世。方舟子提出“姚贝娜是给中医害了”，他指出：姚贝娜早期病情发作时因为吃中药“调理”后病情反而加重，接受规范治疗，症状得以改善，虽然乳腺癌治愈率可达到90%以上，而且她的病情属于预后良好的类型（雌激素受体阳性），可以通过内分泌治疗降低体内雌激素含量减轻病情以致治愈，但是有可能会发生绝经期症状，姚贝娜遂拒绝接受这一治疗并再次服用中药，由于中药的药方中有些药物（如当归）具有雌激素活性，会加重病情，致使两年后疾病复发、扩散而逝世。
* 2015年10月，中国药物化学家屠呦呦因在研制青蒿素等抗疟药方面的贡献被授予诺贝尔医学奖。由于屠呦呦声称其发现青蒿素治疗疟疾是受到传统中医典籍《肘后备急方》启发而来，遭到反对中医的方舟子的批评，并指屠呦呦在学术道德方面存在瑕疵。
* 虽然主张“废医验药”，但方舟子赞成将中医作为文化加以整理、研究。
* 方舟子批判虚假保健品。包括以褪黑激素为主要成分的“脑白金”以及核酸营养品“珍奥核酸”都被揭露为虚假宣传。2007年到2009年期间，方舟子揭露蒙牛乳业产品“特仑苏”牛奶声称添加的名为“OMP（造骨牛奶蛋白）”的物质就是IGF-1（胰岛素样生长因子-1），正常情况下口服无作用，而如果血液中IGF-1浓度过高则有增加患癌症的风险。在这个事件中，声援方舟子的广东奶业协会在其主办的南方奶业网上刊登了有关信息。
* 方舟子在转基因食品方面持支持态度，他表示：“众多国外权威机构，包括世界卫生组织、联合国粮农组织、欧盟委员会、美国科学院、美国食品药品管理局、英国皇家医学会都指出，转基因食品的安全风险并不比其他食品更高，反而可能更低。”
* 方舟子对于瘦肉精持解禁态度。2011年4月1日，他在新华每日电讯上发表署名文章，批评媒体过度“妖魔化”瘦肉精（莱克多巴胺）的现象。在文中，他表示由于养猪业有提高猪肉瘦肉率的需求，杜绝“瘦肉精”的使用非常困难。如果一概禁用，那么养猪户在选择时就宁愿选用价格最低廉、但是毒性也最强的盐酸克伦特罗，而如果政府允许使用安全且副作用很低的莱克多巴胺，那么很多农户就不会冒违法的风险了。目前有二十多个国家允许使用莱克多巴胺，但中国却禁用。

* 2019冠状病毒病疫情期间，方舟子认为选一名政客当世卫组织总干事，必然会让它从专业组织变成政治组织，因为政客眼里只有利益，没有原则。方舟子反对封城，也反对民众普遍佩戴口罩，甚至建议美国政府没收华人超市贩售的口罩。