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=== 内部问题 ===
2012年10月14日，因为新番投稿“搬运”（将某一个网站的视频由第三方用户上传至另外一个网站）问题，“搬运工”黎亦乔与哔哩哔哩管理员及站长⑨bishi发生语言冲突，⑨bishi“真当自己大小姐”的回复成为议论焦点，随后造成众多老新番“搬运工”删除自己的新番视频投稿/视频源/弹幕池并作出离开哔哩哔哩的声明。⑨bishi事后在其微博对事件进行解释及道歉，事件造成了上千视频投稿被删除，主要为新番区、合集区的动画视频。哔哩哔哩网站方面亦发动群众用户进行补档（恢复被删除的视频），并将弹幕转移到新补档视频里。。

2014年7月18日，哔哩哔哩新浪官方微博在早上9:03（UTC+8）发布对在其网站投稿的UP主12dora的处罚公告，公告中称由于UP主12dora“长期通过违规手段操控哔哩哔哩各区排行榜，推广纯商业广告，影响正常用户的观看体验”，借此永久封杀12dora及其相关账号以解决利益纠纷，并且发布由相关人士的录音于哔哩哔哩上，最终以当事人12dora道歉退站并被封号（于2020年11月17日解封），⑨bishi（站长）接受道歉结束。

2016年7月28日，bilibili发布《致合作伙伴的公开信》，称前bilibili游戏运营负责人高楠楠涉嫌职务犯罪，伙同丈夫以及其丈夫的表弟李伟东在外开办公司进行利益输送，涉及金额超过100万元人民币。高楠楠、李伟东等人已被警方立案调查，处于取保候审。