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=== 被质疑“诈捐” ===
2012年初，罗永浩发表微博质疑由方舟子的律师发起，并以方舟子为主要受益人的“打假基金”和“安保基金”涉嫌诈捐和漏税的行为，并向公安局经侦科和民政局举报。

央视记者王志安因为其好友、中国农业大学副教授朱毅的论文造假被方舟子等网友质疑，而与方舟子结下私仇。2015年12月22日开始，王志安连续在新浪微博发文质疑安保资金涉嫌诈骗。

2015年8月19日，方舟子向北京市海淀区人民法院起诉王志安名誉侵权。

2019年，由于安保资金事件，以方舟子为主要受益人的安保资金管理者彭剑在国内两起官司终审均败诉。其判决书都已经可以查询到，法院判决安保资金退还310万捐款和利息。