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=== 被质疑“抄袭”和“造假” ===
2011年3月30日，《法治周末》用四个整版的篇幅刊登了《方舟子涉嫌抄袭总调查》，文中指出：方舟子发表于2006年12月11日《经济观察报》上的《现代药物是怎么开发出来的》一文，系抄袭自网友“颖河”的九篇系列文章《认识药物》，连原文的笔误都照抄不误。

对此，方舟子辩称“科普文章和论文的标准是不一样的”，因此“称不上抄袭”。。密歇根州立大学教授鲁特-伯恩斯坦称方舟子在1995年发表在网上的一篇文章《科学是什么》中剽窃了他的著作：《科学是什么》全文1600字，其中约有900字几乎原文引自他的《神创论是科学的理论吗》一文，但并未注明出处。该文被收录在2007年出版的《方舟子破解世界之谜》中时，亦未提到伯恩斯坦。

据此，网名“亦明”的学者葛莘于2010年10月17日向密歇根州立大学发出举报信。19日，方舟子改动了新语丝网站的网页，在原文加上了“根据美国学者Root-Bernstein的归纳”的字样。此后，密大诚信负责人吉姆斯·皮瓦尼克回信称该文章虽满足“学术不端行为”的定义，但无可信证据证明是方舟子于1995年所写。

在葛莘提供了相关证据后，大学以“方舟子的文章与他在该校学业无关”为由，拒绝进行进一步调查。对此，原作者鲁特-伯恩斯坦教授在确认方舟子抄袭他的文章的情况下，对校方的处理意见表示不满，并向校方举报方舟子抄袭他的文章。

方舟子在参加北京电视台《第七日》节目时，该节目下方的滚动字幕中介绍方舟子是“麻省理工学院生物学博士”，受到一些人的质疑，事后方舟子以称是该节目单方面的失误。