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=== 被指“多重标准” ===
有人认为，方舟子有时在打假中对不同的人或事物使用了不同的标准，如北京大学教授刘华杰曾说：“方舟子批评别人采用的是一套标准，自己做事采用的是另一套标准”；中国社科院学者易华认为方“反差很大，双重标准明显———看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察。” 在方舟子的妻子刘菊花的硕士论文被多人讨论研究判定为存在抄袭的事实时，方舟子作为打假斗士，却不再打假，还表示举报抄袭的理由可笑。

对此，方舟子曾回应称：“本来就是应该选择性的打假，那么多我怎么可能什么事都管？我当然指的是找那些我认为比较严重，或者我觉得有意思的、感兴趣的”。